Kaggle賽題解析：HuBMAP血管分割

賽題名稱：HuBMAP - Hacking the Human Vasculature

從(cong) 人腎組織切片中分割微血管結構

https://www.kaggle.com/competitions/hubmap-hacking-the-human-vasculature

賽題任務：計算機視覺、語義(yi) 分割

賽題背景

身體(ti) 器官和組織的正常運作取決(jue) 於(yu) 細胞的相互作用、空間組織和特化——全部 37 萬(wan) 億(yi) 個(ge) 細胞。有這麽(me) 多細胞，確定它們(men) 的功能和關(guan) 係是一項艱巨的任務。

目前繪製細胞圖的努力涉及血管係統共同坐標框架 (VCCF)，它使用人體(ti) 中的血管係統作為(wei) 主要導航係統。如果我們(men) 可以自動分割微脈管係統的排列，研究人員就可以使用真實世界的組織數據來開始填補這些空白並繪製出脈管係統。

賽題任務

本次比賽的目標是分割微血管結構的實例，包括毛細血管、小動脈和小靜脈。您將創建一個(ge) 模型，該模型根據來自健康人體(ti) 腎髒組織切片的 2D PAS 染色組織學圖像進行訓練。

賽題數據

您在本次比賽中的目標是在人體(ti) 腎髒組織學載玻片中定位微血管結構（血管）。比賽數據包括從(cong) 分成兩(liang) 個(ge) 數據集的五個(ge) 完整幻燈片圖像 (WSI) 中提取的圖塊。

數據集 1 中的圖塊具有經過專(zhuan) 家審查的注釋。數據集 2 包含來自這些相同 WSI 的剩餘(yu) 圖塊，並包含未經專(zhuan) 家審查的稀疏注釋。

• train|test/ 包含 TIFF 圖像的文件夾。每個圖塊的大小為 512x512。
• tile_meta.csv每個圖像的元數據。
• wsi_meta.csv從中提取圖塊的整個幻燈片圖像的元數據。

評價指標

對於(yu) 測試集中的每個(ge) 圖像，您必須預測實例分割掩碼列表及其相關(guan) 檢測分數 ( Confidence)。該submission.csv文件使用以下格式：

id,height,width,prediction_string 72e40acccadf,512,512,0 1.0 eNoLTDAwyrM3yI/PMwcAE94DZA==

分割是使用閾值為(wei) 的 IoU 為(wei) 0.6。

賽題賽程

2023 年 7 月 24 日- 報名截止日期。您必須在此日期之前接受比賽規則才能參加比賽。

2023 年 7 月 24 日- 團隊合並截止日期。這是參與(yu) 者可以加入或合並團隊的最後一天。

2023 年 7 月 31 日- 最終提交截止日期。

賽題獎金

• 第一名 - 20,000 美元
• 第二名 - 10,000 美元
• 第三名 - 10,000 美元
• 第四名 - 5,000 美元
• 第五名 - 5,000 美元

賽題解析

賽題是一個(ge) 典型的醫療語義(yi) 分割比賽，有類似的比賽可以參考：

https://www.kaggle.com/competitions/hubmap-organ-segmentation

https://www.kaggle.com/competitions/hubmap-kidney-segmentation